Dua tahun telah berlalu sejak serangan CCG pada Anteiku. Meskipun atmosfer di Tokyo telah berubah secara drastis karena meningkatnya pengaruh CCG, hantu terus menimbulkan masalah karena mereka mulai berhati-hati, terutama organisasi teroris Aogiri Tree, yang mengakui ancaman CCG yang semakin meningkat terhadap keberadaan mereka.

Pembentukan tim khusus, yang dikenal sebagai Quinx Squad, dapat memberikan CCG dorongan yang mereka butuhkan untuk memusnahkan warga Tokyo yang tidak diinginkan. Sebagai manusia yang telah menjalani operasi untuk memanfaatkan kemampuan khusus hantu, mereka berpartisipasi dalam operasi untuk membasmi makhluk berbahaya. Pemimpin kelompok ini, Haise Sasaki, adalah setengah-hantu, setengah manusia yang telah dilatih oleh penyidik kelas khusus terkenal, Kishou Arima. Namun, ada lebih banyak pria muda ini daripada yang terlihat, karena kenangan yang tidak diketahui mencuat di benaknya, perlahan mengingatkannya tentang orang yang dulu.