Alex, Marty, dan hewan kebun binatang lainnya menemukan cara untuk melarikan diri dari Madagaskar ketika penguin merakit ulang pesawat yang rusak. Kapal yang diperbaiki itu tetap berada di udara cukup…

Teman-teman hewan Alex, Marty, Melman, dan Gloria masih berusaha untuk kembali ke New York Central Park Zoo. Mereka dipaksa untuk mengambil jalan memutar ke Eropa untuk menemukan penguin dan simpanse…

Skipper, Kowalski, Rico, dan Private bergabung dengan organisasi rahasia The North Wind untuk menghentikan Dr. Octavius ​​Brine yang jahat dari menghancurkan dunia seperti yang kita ketahui.