Seorang anak yatim piatu yang dibesarkan oleh makhluk bawah tanah bernama Boxtrolls muncul dari selokan dan keluar dari kotaknya untuk menyelamatkan keluarganya dan kota dari pembasmi jahat, Archibald Snatcher.

Seorang lelaki kecil bernama Mowgli yang dibina oleh serigala. Setelah ancaman dari harimau Shere Khan, Mowgli terpaksa melarikan diri dari hutan, di mana ia memulai perjalanan penemuan diri dengan bantuan…